赣南医科大学档案馆建设工作始于建校初期，随着学校事业的发展，学校相继成立了综合档案室、人事档案室和学生档案室。2007年，为加强对档案工作的统一管理，学校在综合档案室和人事档案室的基础上组建了档案馆，定为学校党办院办下设的正科级业务机构。2024年1月，独立设置档案馆，为副处级业务机构。档案馆目前在岗人员4人，馆长1人，馆员3人。下设人事档案管理科、综合档案管理科。

我校档案馆总建筑面积约1600平方米，实现库房、阅览室、整理室、办公室四分开。设置了综合、实物、声像、学生、干部人事等5个档案库房，库房面积约632平方米。档案馆严格落实“八防”措施及安装全覆盖监控系统、七氟丙烷气体消防装置系统，进一步筑牢了档案工作的安全防线。

目前，档案馆馆藏综合档案约35000卷（件），实物档案700余件，照片类档案约2700张，管理学校及各附属医院各类人员干部人事档案共3100余卷，2020年至今共存放学生档案15000余份。我校档案馆是全国干部人事档案工作目标管理一级标准单位。